美国华盛顿智库“2049计划研究所”在2013年10月公布一份报告，指孔子学院在传授汉语的同时，也在灌输有利中国的意识形态，借此影响对中国的评价。

美国情报界警告这些孔子学院是潜在的间谍点，孔子学院构成更严重的挑战，是危害美国下一代领导人了解、思考和谈论中国现实及中共政权真实性质的能力。

国会参议员卢比奥(Marco Rubio)今年2月致函佛罗里达州设有孔子学院的学校，敦促这些学校终止孔子学院的运营。

3月，卢比奥参议员与众议员威尔森(Joe Wilson)在国会提出《外国影响力透明法案》，要求为外国政府进行政治宣传的机构须向美国司法部登记为“外国代理人”，同时修改《高等教育法》，要求各大学公布超过5万美元的外国捐赠与合约，这使得美国的大学对孔子学院提高警觉，不再与其合作。

佛罗里达州杰克森维尔(Jacksonville)北佛州大学今秋将关闭营运四年的孔子学院。该校声明指出：这是经过审慎考虑的决定，因为“审查过去四年孔子学院开办的课程和活动后，孔院与该校的宗旨、目标不符。”

北佛州大学是继西佛州大学、宾夕法尼亚州大和芝加哥大学后，美国第四所大学关闭孔子学院。马萨诸塞州塔夫茨大学(Tufts University )以同样理由将于明年6月停止与孔子学院的续约。美国伊利诺伊香槟州大和艾奥瓦大学、德州农机大学的孔子学院都将在今年关闭。

关闭孔子学院是美国政府强加国家安全，弱化中国政府对美“大外宣”的努力一部分。